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陳寅恪屬於頂級的史學家，他可以非常清晰的發現，《萬曆十五年》處處都在影射民國。這對普通讀者來說極為困難，但對陳寅恪而言卻極為輕鬆。
陳寅恪是什麼人？
後世的歷史網絡小說，寫三國必然提到“閹宦集團”和“士大夫集團”，寫隋唐的必然提到“關隴集團”，這些概念都是陳寅恪在民國時期提出的。他非常善於分析總結歷史政體派系，也對歷朝的文化和經濟非常敏感，而《萬曆十五年》就把明朝的政治、經濟、文化給寫活了。
當陳寅恪第五次通讀《萬曆十五年》的時候，他不僅著眼於民國，更把目光放到從唐宋到明清的歷代中國。
在這本書的結尾，作者的寫作意圖暴露無遺，他在總結中國落後的原因，討論中國未來的發展方向。而四海昇平的“萬曆十五年”，則在影射此時的民國，且此時的民國比“萬曆十五年”更加不堪。
“萬曆十五年，丁亥次歲，表面上似乎四海昇平，無事可記，實際上我們的大明帝國已經走到了它發展的盡頭。”——這句話聯繫前文對明朝社會的分析，再聯繫民國的社會狀況，無疑是在說：“中華民國已經走到了它發展的盡頭。”
陳寅恪心緒難平，看完這本書後，他已經不去想抗戰是否能勝利了，而是苦苦思索中國社會的未來出路。
擺下紙幣，端坐良久，陳寅恪開始寫評論：《讀周先生之萬曆十五年有感》。
第一千零四十章 新書反響
“張居正的改革措施，徹底暴露了中央集權過度帶來的不良後果。在下層行政單位尚有許多實際問題沒能解決以前，行政效率的增進必然遲緩和有限。強行提高效率，超過了一定限度，只會造成行政系統內部的不安，整個官僚集團會因壓力過高而或分裂、或糾集，實際問題又會演變成道德問題。”
“再觀今日之徵實徵購政策，中央強行要求提高效率，而下層行政單位問題極多，難以實現政令的有效執行。這造成整個中國的行政系統難以適應，中層和基層官僚壓力過高，只能以粗暴的方式欺上瞞下。譬如河南之徵購，官員為了完成任務，選擇對中央隱瞞災荒事實，而不顧民情大肆征斂。這就帶來一系列嚴重後果，政府威信大失，百姓苦不堪言。繼而延伸為道德問題，政府高舉抗戰大義，要人民傾其所有奉獻國家，不支持徵購則不愛國。百姓認為政府橫徵暴斂，沒有為人民考慮，領袖和官員的私德也遭到懷疑。”
“史學界有一種說法，即‘明朝稅重民窮’。似乎是因為當時貪官污吏橫行，百姓被攤派的賦稅過重，富者愈富，窮者愈窮，其實這跟事實有所出入。同時期，英國稅收與明朝相當，而人口卻只有明朝的三十分之一，英國怎麼就能繼續發展壯大呢？原因不在賦稅過重，而在於政府和法律的低能。即便國家稅率低，受惠的也並非農民，只能鼓勵地主加重盤剝和官僚額外剝削。”
“道德並非萬能的，政府不能依靠單純的抗戰大義，而要求百姓舍家報國。更要健全法律制度，完善行政體系，遏制貪污腐敗，鼓勵扶持先進經濟，減少對傳統農業的壓榨……”
這些都是陳寅恪寫的評論文章，寫完之後他就燒了，並沒有拿出去發表。
陳寅恪從來不談論政治，但並不代表他不懂政治。學史學到他那個地步，很多事情比官僚看得更清，但也僅此而已，不能改變中國的現狀。
坐而論道誰都會，難的是如何解決問題。
沒法解決！
常凱申當然想完善行政系統，提高基層官員的執行力。但這是不可能辦到的，除非在中國進行一場觸及根本的大改革，而抗戰特殊時期的內外部條件都不允許他這麼做。
所以陳寅恪把文章燒了，發表出來也無益，反而會因此得罪掌權者。
燒完文章，陳寅恪很快又重寫了一篇，單純從治史方法來分析《萬曆十五年》。他首先批評了周赫煊對於某些史料的無視，認為周赫煊的某些思想稍顯片面，同時又讚揚《萬曆十五年》風格獨特、觀點新穎，為明史研究開拓了新的形式與方向。
……
陳寅恪的第二篇文章還未發表，吳晗就已經開始對《萬曆十五年》大加吹捧了。
吳晗也是研究明史的專家，他早前雖然屬於自由派，但性格非常激進。早在十多年前，吳晗就給胡適寫信說：“翻開任何國家、任何朝代的歷史來看，找不出這樣一個卑鄙無恥、喪心病狂的政府（南京國民政府）。”
吳晗請求胡適指出一條明路，胡適讓吳晗“科學救國”。
那時吳晗非常尊崇胡適，特地在畢業照背面寫下胡適的名言：“大膽的假設，小心的求證。少說些空話，多讀些好書。”
然而，吳晗到了西南聯大，國黨的腐敗和不顧學者死活的態度，再加上好友在貧寒病痛中去世，讓吳晗的思想徹底轉左。他的行為做法比聞一多更加激進，不但投身於各種反蔣活動，還寫了一本《由僧缽到皇權》。
這本書後來改名為《朱元璋傳》，跟周赫煊的《萬曆十五年》幾乎同時出版，專門用來影射常凱申。
在讀了《萬曆十五年》之後，吳晗感覺找到了知己。雖然他們一個寫朱元璋，一個寫萬曆朝，但都是走的“影射史學”的路子，都是在抨擊常凱申和國民政府。