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魏伯陽著作這本書的目的，是為了說明修煉丹道的原理與方法，證明人與天地.宇宙，有同體同功而異用的法則和原理，為了整理自古以來的傳承，證明人為的修煉，可以升華而成神仙的傳統學術，他以《周易》的理、象、數三部分，和周、秦到兩漢，用在天文物理學上的原理與原則的五行、干支之學，以及道家老子傳統的形上、形下的玄學原理，一齊融會貫通，為丹道的修煉程序，做了一套完整的說明。所謂“參同契”，便是說，丹道修煉的原理，與《周易》、《老子》的科學而哲學的原則，參得透徹了，便可了解它們完全是同一功用，“如合符契”的。所以他便融會《周易》、黃老、丹道這三種學術共通的道理，著述這本《參同契》了。在這本書中，他的文辭簡樸而優美，猶如《易林》的詞章，也是千古絕調之筆，他把丹道修煉的原理，區分為藥物、服食、御政三大綱要。然而如《老子》這本書一樣，它原始的篇章次序，究竟是如何的安排，確費後人的疑猜與稽考，這又富於道家猶龍隱約的風味，可與老子其人及其書互比隱晦。如果我們要把丹經的鼻祖著作《參同契》，比之老子的書，那麼，另一部丹經，是宋代張紫陽真人所著的《悟真篇》，應該比之如莊子的書了。
《參同契》所講的丹道學術，特別注重身心精神的修煉，他所指用於“返老還童”、“長生不死”，至於最高解脫而登上仙位的丹藥，主要的藥物，便是人人自己所具備的精、神、炁而已。即在修煉的過程中，也可以借用，或者必須借用外物的丹藥，那是為了培養補充衰竭而有病象的身心，使其恢復精、神、炁的生命本能而已。它是中國養生學的祖述寶典，也是最早研究身心生命奧秘的著作，它影響漢、魏的醫學，生物物理學，乃至佛學與禪宗，後來道教的經典《黃庭經》，所謂“上藥三品，神與炁精”等思想，以及《龍虎經》等的著作，都是由《參同契》的蛻變而來，不過加上一些宗教神秘的觀念而已，他認為恢復精神先天原始的情況，能夠自作生命的主宰，以及變化生死的功能，一切都可操之在我，才是服食丹道的效驗。至於煅煉藥物的精、神、炁，與服食的方法，必須有正確的心性修養，與真正智慧的認識，才能做到。所以統攝修煉藥物，服食成丹等的程序，便要透徹了解御政的重心。講到藥物，他雖然指出精、神、炁為修煉丹藥的主材，但是，他並非如宋、元以後的丹道，參合佛學禪宗的理論與方法，而且更不是明、清以後伍沖虛、柳華陽的丹道學派，專以性神經系統的精蟲卵子等，認為便是精神的精;同時，更沒有如明、清以後的丹道，動輒便以任、督等奇經八脈做為修道的主題。他的本來原文，非常清晰，只因後世道家與道教的道士們，各從不同的觀點，不同的角度，自己為他作註解，於是講究修性修命的，主張獨身主義的單修清靜派;主張不離家室之好，男女合薪的雙修派;主張燒鉛鍊汞而用外丹的丹法，就眾說紛紜，統以《參同契》做為原理的根據了，所以房中采煉等等左道旁門的謬論，也都一一牽強附會，援引《參同契》的文言，而言之成理，著之成文。至於《參同契》原本所說的精與神，便是魂與魄的外用，炁，只是精與神的化合物而已。它與《周易·系傳》的：“精氣為物，遊魂為變”，確是同一路線的思想。
其實，《參同契》一書，並非真正難讀，也不是作者故弄玄虛，保存有無上秘密的口訣，只是受歷史時代背景的影響，文章風格，各有不同，魏伯陽生當東漢時代，正當文運走向變今而仿古的變革時期，他沒有像近代人的條分縷析，歸納分類得清清楚楚，但是你只要把握他的主題，是在說明修煉丹道的原理與方法，百讀不厭，久久就會自然貫通，找出它的體系條理了。他引用老子的理論，是為了借重先聖古人的言辭，以證明他的道理，並非向壁虛構。他引用《易經》象數的原則，極力說明天地日月氣象變化的宇宙規律，藉以證明人身生命活動的原理，是與天地宇宙變化的程序，有共通活用的軌則，並非是要你把天地日月的規範，呆呆板板地用到身心上來。清代道士朱雲陽的意見，認為他是以月的盈虧，來比精神的衰旺，日的出沒，來比氣血的盈虛，這是非常合理的名言。現在我們舉出一、二段有關修煉清靜的理論與方法，是他說明老子的“致虛極，守靜篤”、“萬物芸芸，各歸其根，歸根日靜，靜日復命”的引申註解。同時，也可以在其中看到稍遲魏伯陽一二百年間的佛學與排學等，它如何取用中國文化中，對於心性現狀解釋的科學觀，以及首先提出以“無念”為入手的《參同契》的修法;並且也由此看出宋儒理學家們的修養“靜”“敬”的方法，它與佛、道兩家，是如何的結有不解之緣了。例如：
推演五行數，較約而不煩。舉水以激火，奄然滅光明。日月相薄蝕，常在晦朔間。水盛坎侵陽，火衰離晝昏。陰陽.相飲食，交感道自然。吾不敢虛說，仿效古人文。古記顯龍虎，黃帝美金華。淮南煉秋石，玉陽加黃芽。賢者能持行，不肖毋與俱。古今道由一，對談吐出謀。學者加勉力，留意深思惟。至要言甚露，昭昭不我欺。
名者以定情，字者緣性言。金來歸性初，乃得稱還丹。
耳目口三寶，閉塞勿發通。真人潛深淵，浮游守規中。旋曲以視聽，開闔皆合同。為已之樞轄，動靜不竭窮。離氣納榮衛，坎乃不用聰。兌合不以談，希言順鴻濛。三者既關鍵，緩體處空房。委志歸虛無，“無念”以為常。證難以推移，心專不縱橫。寢寐神相抱，覺悟候存亡。顏色浸以潤，骨節益堅強。辟卻眾陰邪，然後立正陽。修之不輟休，庶氣雲施行。淫淫若春澤，液液像解冰。從頭流達尺，究竟復上升。往來洞無極，佛佛被谷中。反者道之驗，弱者德之柄。耘鋤宿污穢，細微得調暢。濁者清之路，昏久則昭明。
當然，這些文簡言朴的文辭，其中包含的意義與道理太多，我們來不及多加解說，總之，《參同契》的方法與宗旨，是專為鍛鍊精神魂魄，以到達老、莊所謂與“天地精神相往來”的真人境界，是道家正統的神仙丹道的學術，因此，魏伯陽把當時假借先聖而流傳的許多旁門左道，欺世盜名，以及貽誤人世社會的小術，嚴加駁斥。
如說：
是非歷勝法，觀內有所思(這是指內視五臟，如存想返觀肚臍、丹田等的旁門修法)。履行步斗宿，六甲次日辰(這是指步罡拜斗，迷於符籙道術等的旁門修法)。陰道厭九一，濁亂弄元胞(這是指迷信房中九淺一深等素女經的修法，與左道采陰補陽等的旁門修法)。食氣鳴腸胃，吐正吸外邪(這是指吐故納新，專煉呼吸服氣等的旁門修法)。晝夜不臥寐，晦朔未嘗休(這是指搬精運氣，緊撮谷道，以及長坐不臥的旁門修法)。身體日疲倦，恍惚狀若痴。百脈鼎沸馳，不得證清居(這是指以上五類，專在身體以內，搬弄精氣的旁門道術)。累土立壇宇，朝暮敬祭祀。鬼初見形象，夢寐感慨之(這是指專以祭祀禱告，乃至修煉驅神役鬼等的旁門修法)。心歡意喜悅，自謂必延期。遽以夭命死，腐露其形骸(這是指以上所說修煉神秘法術等旁門的結語)。舉措輒有違，悖逆失樞機。諸術甚眾多，千條有萬餘。前卻違黃老，曲折戾九都。明者省厥旨，曠然知所由。
《參同契》所講的丹道學術，特別注重身心精神的修煉，他所指用於“返老還童”、“長生不死”，至於最高解脫而登上仙位的丹藥，主要的藥物，便是人人自己所具備的精、神、炁而已。即在修煉的過程中，也可以借用，或者必須借用外物的丹藥，那是為了培養補充衰竭而有病象的身心，使其恢復精、神、炁的生命本能而已。它是中國養生學的祖述寶典，也是最早研究身心生命奧秘的著作，它影響漢、魏的醫學，生物物理學，乃至佛學與禪宗，後來道教的經典《黃庭經》，所謂“上藥三品，神與炁精”等思想，以及《龍虎經》等的著作，都是由《參同契》的蛻變而來，不過加上一些宗教神秘的觀念而已，他認為恢復精神先天原始的情況，能夠自作生命的主宰，以及變化生死的功能，一切都可操之在我，才是服食丹道的效驗。至於煅煉藥物的精、神、炁，與服食的方法，必須有正確的心性修養，與真正智慧的認識，才能做到。所以統攝修煉藥物，服食成丹等的程序，便要透徹了解御政的重心。講到藥物，他雖然指出精、神、炁為修煉丹藥的主材，但是，他並非如宋、元以後的丹道，參合佛學禪宗的理論與方法，而且更不是明、清以後伍沖虛、柳華陽的丹道學派，專以性神經系統的精蟲卵子等，認為便是精神的精;同時，更沒有如明、清以後的丹道，動輒便以任、督等奇經八脈做為修道的主題。他的本來原文，非常清晰，只因後世道家與道教的道士們，各從不同的觀點，不同的角度，自己為他作註解，於是講究修性修命的，主張獨身主義的單修清靜派;主張不離家室之好，男女合薪的雙修派;主張燒鉛鍊汞而用外丹的丹法，就眾說紛紜，統以《參同契》做為原理的根據了，所以房中采煉等等左道旁門的謬論，也都一一牽強附會，援引《參同契》的文言，而言之成理，著之成文。至於《參同契》原本所說的精與神，便是魂與魄的外用，炁，只是精與神的化合物而已。它與《周易·系傳》的：“精氣為物，遊魂為變”，確是同一路線的思想。
其實，《參同契》一書，並非真正難讀，也不是作者故弄玄虛，保存有無上秘密的口訣，只是受歷史時代背景的影響，文章風格，各有不同，魏伯陽生當東漢時代，正當文運走向變今而仿古的變革時期，他沒有像近代人的條分縷析，歸納分類得清清楚楚，但是你只要把握他的主題，是在說明修煉丹道的原理與方法，百讀不厭，久久就會自然貫通，找出它的體系條理了。他引用老子的理論，是為了借重先聖古人的言辭，以證明他的道理，並非向壁虛構。他引用《易經》象數的原則，極力說明天地日月氣象變化的宇宙規律，藉以證明人身生命活動的原理，是與天地宇宙變化的程序，有共通活用的軌則，並非是要你把天地日月的規範，呆呆板板地用到身心上來。清代道士朱雲陽的意見，認為他是以月的盈虧，來比精神的衰旺，日的出沒，來比氣血的盈虛，這是非常合理的名言。現在我們舉出一、二段有關修煉清靜的理論與方法，是他說明老子的“致虛極，守靜篤”、“萬物芸芸，各歸其根，歸根日靜，靜日復命”的引申註解。同時，也可以在其中看到稍遲魏伯陽一二百年間的佛學與排學等，它如何取用中國文化中，對於心性現狀解釋的科學觀，以及首先提出以“無念”為入手的《參同契》的修法;並且也由此看出宋儒理學家們的修養“靜”“敬”的方法，它與佛、道兩家，是如何的結有不解之緣了。例如：
推演五行數，較約而不煩。舉水以激火，奄然滅光明。日月相薄蝕，常在晦朔間。水盛坎侵陽，火衰離晝昏。陰陽.相飲食，交感道自然。吾不敢虛說，仿效古人文。古記顯龍虎，黃帝美金華。淮南煉秋石，玉陽加黃芽。賢者能持行，不肖毋與俱。古今道由一，對談吐出謀。學者加勉力，留意深思惟。至要言甚露，昭昭不我欺。
名者以定情，字者緣性言。金來歸性初，乃得稱還丹。
耳目口三寶，閉塞勿發通。真人潛深淵，浮游守規中。旋曲以視聽，開闔皆合同。為已之樞轄，動靜不竭窮。離氣納榮衛，坎乃不用聰。兌合不以談，希言順鴻濛。三者既關鍵，緩體處空房。委志歸虛無，“無念”以為常。證難以推移，心專不縱橫。寢寐神相抱，覺悟候存亡。顏色浸以潤，骨節益堅強。辟卻眾陰邪，然後立正陽。修之不輟休，庶氣雲施行。淫淫若春澤，液液像解冰。從頭流達尺，究竟復上升。往來洞無極，佛佛被谷中。反者道之驗，弱者德之柄。耘鋤宿污穢，細微得調暢。濁者清之路，昏久則昭明。
當然，這些文簡言朴的文辭，其中包含的意義與道理太多，我們來不及多加解說，總之，《參同契》的方法與宗旨，是專為鍛鍊精神魂魄，以到達老、莊所謂與“天地精神相往來”的真人境界，是道家正統的神仙丹道的學術，因此，魏伯陽把當時假借先聖而流傳的許多旁門左道，欺世盜名，以及貽誤人世社會的小術，嚴加駁斥。
如說：
是非歷勝法，觀內有所思(這是指內視五臟，如存想返觀肚臍、丹田等的旁門修法)。履行步斗宿，六甲次日辰(這是指步罡拜斗，迷於符籙道術等的旁門修法)。陰道厭九一，濁亂弄元胞(這是指迷信房中九淺一深等素女經的修法，與左道采陰補陽等的旁門修法)。食氣鳴腸胃，吐正吸外邪(這是指吐故納新，專煉呼吸服氣等的旁門修法)。晝夜不臥寐，晦朔未嘗休(這是指搬精運氣，緊撮谷道，以及長坐不臥的旁門修法)。身體日疲倦，恍惚狀若痴。百脈鼎沸馳，不得證清居(這是指以上五類，專在身體以內，搬弄精氣的旁門道術)。累土立壇宇，朝暮敬祭祀。鬼初見形象，夢寐感慨之(這是指專以祭祀禱告，乃至修煉驅神役鬼等的旁門修法)。心歡意喜悅，自謂必延期。遽以夭命死，腐露其形骸(這是指以上所說修煉神秘法術等旁門的結語)。舉措輒有違，悖逆失樞機。諸術甚眾多，千條有萬餘。前卻違黃老，曲折戾九都。明者省厥旨，曠然知所由。